metaphlan软件运行记录

有个小插曲,是这个软件的名字我竟然搞错了,倒数第三个字母是l而不是i, 这有点丢人呀,这个软件用起来还是插顺畅的,就是发现低于0.0001的菌没有列出,不确定是不支持还是有参数过滤了。

安装和数据库准备

这里主要参考的是一个哥们的博客,特别是缺失的一个文件,他把内容放在了正文。
应该是这个教程:
https://blog.csdn.net/weixin_44223966/article/details/106875039?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-title-3&spm=1001.2101.3001.4242

#运行命令
metaphlan --install --bowtie2db  ~/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/ 
# 已经把数据库文件4个放在了这个文件夹/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/
Downloading MetaPhlAn database
Please note due to the size this might take a few minutes
# 所以这里下面说明了文件已经存在,不需要因为box文件下载不到而报错了
File /home/zd200572/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.tar already present!

File /home/zd200572/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.md5 already present!
# 解压
Decompressing /home/zd200572/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.fna.bz2 into /home/zd200572/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.fna
#建索引
Building Bowtie2 indexes
Removing uncompress database /home/zd200572/miniconda3/envs/mpa/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_database/mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.fna
#完成
Download complete
The database is installed

运行样本就比较简单了,直接官方命令即可。

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