昨天，想用R语言画个PCA图，来确认一批样本重复测序的吻合度，虽然已经单个数据审视和检查过了，还是用PCA看一下整体的情况，于是决定学画PCA图。使用搜狗微信搜索，找到一篇百迈客微信公众号的视频讲解，讲的不错，跟着以1.5倍速听完就可以画出自己的图了，挺开心的。
最近热衷于当一个伪极客，把手机变为电脑，理想的情况是直接接上一台显示器，有线或者无线的方式，就实现电脑的操作。于是用搜索引擎和github上找啊找，终于找到几个实现方式，有的是大部分设备均可用的，有的只能局限于几台设备，都放在这，只是个爱好，记录一下。
我的2018书单，一部分已经有读书笔记，有几本电子书没有记录，大部分在微信读书上的。约等于60本吧，毕竟有一部分书只是翻翻，新的一年重视提高阅读精度，不求太多数量。不能有的书读过竟然不记得了。。。感恩2018！
2018就这样过去了，回顾一下自己所写的博客和公众号推文，当然推文是来自博客的。感谢一切，我能快乐地写这么多，感谢曾经学习过的每篇博文和公众号，感谢大神们的努力，才让我等小喽啰可以找点东西写写。2019，加油！
这两天的工作都是从早上打开热心肠日报开始的，不得不说基本上每天干货满满呀，每天一篇给力的综述的节奏。ps,发现ubiome的科学家和志愿者也在维护着一个国外版的热心肠日报，地址放在这：https://microbiomedigest.com/ 值得点赞，英语好的同鞋可以参考参考，不知道国内的灵感是不是来自这个，但是平心而论，国内的做得已经水平不次于国外的了。
很感谢这些人，为大众做着科普的事情，有许多人把今天的生命科学比做几十年前的计算机产业，当年，计算机还是庞然大特，像供神一样地供在一间特殊的房间，多么像今天的测序仪呀。而牛津纳米孔，直接把测序仪缩小到了手持设备的级别，简直从当年的大型机飞跃到了今天的智能手机呀！相信未来，测序仪会像手机一样人手一部来检测自己的各项基因、蛋白和代谢指标，这才是精准医学嘛。
肠型，Enterotype，是2011年在这篇文章中提出的，即将过去的2018年又有20多们肠道微生物的大佬对肠型的概念进行了回顾和确认。一直比较好奇怎样来用代码分析肠型，今天找到了这个教程，放在这：
作者提到了在国外几个较早的肠道菌检测机构和平台，美国肠道计划AGP，uBiome，Atlasbiomed，这三家，是西方人能做的其中几个。
然后，作者强调了HLA的重要性，举了几个例子，如类风湿，与Prophyromonas(拟杆菌门)相关。强直性脊柱炎与HLA-B27的关系，与Kleibsiella菌属感染有关。多发性硬化症，疲劳综合征与支原体；莱姆病与包柔氏螺旋体相关，HLA-DR15,16可抵抗。HLA-DR4可抵抗沟鞭藻类的感染，其他的还有比如23andme把HLA分型用于预测牛皮癣的概率。
插句题外话，如果你有snp芯片的原始数据，可以娱乐性的帮你分出你的HLA型，准确率不够高，但是也能用了。地址在这：https://jiawen.zd200572.com/hla/HLA%E5%88%86%E5%9E%8B%E5%99%A81.html
今天学点R，发现bioconductor新的安装方式，于是记录一下，备忘。
阅读的综述翻译的中文杜标题是《肠道菌群失调促进结直肠癌的发生》，英文名为『Dysbiosis of gut microbiota in promoting the development of colorectal cancer』，文章地址在：https://academic.oup.com/gastro/article/6/1/1/4430984
祖源是消费级基因检测比较感兴趣的问题，今天我也来学习一下那如何做一个简陋的祖源分析。使用的是SPA（Spatial Ancestry analysis）这个软件，在google中搜索基因型填充无意中搜到了这个软件，由几个作者写成，第一作者还是华人，有点骄傲，可惜没有针对中国人或者东亚人的模型，只有世界和欧洲人的模型，瞬间又觉得有点失落，好在许多中国公司在积累了几万以上的数据后也开始进行中国人自己的模型构建,而且做得还不错。