最近做PRS评分,需要用到连锁不平衡信息,来进行位点筛选,找了好几个工具用于计算连锁不平衡,也发现了个好用的网页工具来进行查询,在这里和大家分享一下!
地址在这,阅读原文也是这个,后面的操作都在这个网页进行的。由于这个网站用到了谷歌的一些组件,可能需要科学上网才能访问。什么,你不会,我有个凑活着用的方式,要不要试试,回复”setup”,给你个小工具。
发现这个软件之前的官网已经打不开,但是在github上仍然在更新,https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了工作?最近一次更新是2019.12.4,还是比较新的。发现wegene的NGS HLA分型报告是用的这个软件的参考文献,估计还是权威些的。
有个小插曲,是这个软件的名字我竟然搞错了…
宏基因组分析,首先需要的结果是获得物种分类信息,前面我们提到,宏基因组有两种分析方式分别是基于序列比对和组装的,组装对电脑硬件的要求是超级高的,不过比对,就轻松多了,得益于算法的优化,有的软件可以实现在个人电脑上进行分析。最近的“AMD YES”也很给力,把普通个人电脑推向了8核16G RAM这种配置,终于追上了手机(虽然二者性能不可同日而语)。算力有了,充分利用起来呀,来个宏基因组玩玩呀!
这里我的需求是使用miniconda安装的Python,然后系统安装的R语言,然后我想让两个结合在一起使用,发现没有现成的教程,于是自己摸索了下,大概就是内核配置的问题。