将qiime2学习进行到底2

发现自己还是比较菜的,不能在qiime2的结果文件里进行较好的操作来达到获得各种属相对丰度的表,于是决定把数据导出到biom和txt格式来进行后续操作。这样就可以利用qiime2的新算法的优势,和之前已有的宏基因组公众号上介绍的流程来进行后续操作。毕竟,对于16S扩增子分析最重要的就是获得物种分类丰度信息。

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将QIIME2学习进行到底

qiime2-2019.1已经发布,程序稳定性越来越好,鉴于官方已经停止支持qiime1,有必要把qiime2的所有细节都理清,学好,这样才能对自己的数据进行实战分析,并将结果运用于实验和生产过程中。发现文档更新也相当快,感谢公众号宏基因组翻译的文档,让我在看许多专业术语方面扫清不少障碍,但是你介于翻译过来的命令却已经过时,还是对照着看最新版的,基本上很少改动,当然,专业英语好的除外。

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qiime2-2019.1更新学习笔记

QIIME2 2019.1发布啦,继续紧跟步伐,看看更新了哪些内容,一并备忘。 这个发布生版本主要针对更新依赖环境,升级到了Python 3.6,一个新的 r-vegan Adonis visualizer,修复了一些小bugs,虚拟机镜像和新的预训练分类器立马可得。

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基因检测之《生命的语言》读书笔记

自从高中毕业选择生物工程专业入行,到研究生阶段微生物学的学习,再到工作开始做基因检测方面的工作,很庆幸基本上在生命科学领域学习和工作。每月去一次的图书馆,让我对科技的好奇心得以保持,互联网的畅达,让我得以接触到全世界的资讯。虽然,在工作之余,我的兴趣大部分在电子、电脑和软件方面。这本《生命的语言》就是借自南图,以一个基因检测从业者身份学习科学大家如何对大众进行基因和生命科学的科普。记录一下读书笔记和心得,并摘抄部分我们可以采取的行动,备忘和便及大家。

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PCA画图学习

昨天,想用R语言画个PCA图,来确认一批样本重复测序的吻合度,虽然已经单个数据审视和检查过了,还是用PCA看一下整体的情况,于是决定学画PCA图。使用搜狗微信搜索,找到一篇百迈客微信公众号的视频讲解,讲的不错,跟着以1.5倍速听完就可以画出自己的图了,挺开心的。

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让你的手机变身电脑–我所知道的几种方式

最近热衷于当一个伪极客,把手机变为电脑,理想的情况是直接接上一台显示器,有线或者无线的方式,就实现电脑的操作。于是用搜索引擎和github上找啊找,终于找到几个实现方式,有的是大部分设备均可用的,有的只能局限于几台设备,都放在这,只是个爱好,记录一下。

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