使用流行的遗传分析工具plink计算PRS-尽管plink不是专用的PRS软件，但是可以使用plink执行使用C + T标准方法计算PRS所需的每个步骤，并且可以执行此多步骤过程,是学习计算PRS的过程的好方法（通常由PRS软件自动执行）。
之前体验了一下[impute.me](http://www.impute.me/ “impute.me”)的基因检测分析服务，其内容之丰富和详尽让我感到吃惊。基本上涵盖了几乎所有有影响的GWAS研究结果（GWAS-Catalog等来源），于是我感到很好奇，他的评估计算方法，于是再次打开其开源的github地址，找到了一些内容，学习一下。再次为这个项目点赞！
之前学习了Base Data质控过程，下面继续，最近一直没有开启博客写作，十月将过，加紧补点。
最近发现生信技能树VIP论坛群里在讨论jupyter lab这么一个工具，内心想尝试一下，毕竟一个好工具或许就可以改变你的学习态度和进程，工欲善其事，必先利其器嘛。我使用了这个工具之后，感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然，手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。
最近发现PRS是近两年比较热门的领域，从科学家对糖尿病等几种疾病的评分，到23andme对糖尿病的评估，发表的文章也越来越多，有必要学习一下他的基本过程。这里找到了一个比较详细的教程，学习和记录一下。教程是一个毕业于香港大学的博士写的，还是PRS分析软件PRSice-2的作者之一，地址放在这：https://choishingwan.github.io/PRS-Tutorial/ 。这篇教程是以同作者发表在生物预印本上的一篇文章为蓝本写的，教程更加详细，示例数据和步骤详尽，可以保证每个人从头重复到尾，而且分别介绍了三种方法的使用，值得学习一下。教程需要R语言和plink，以及LDpred和lassosum软件。
幽门螺杆菌是一个令许多国人谈之色变的话题，特别是当它被证实是一个较强的致癌因子之后。今天，我们对它的认识在加深，只有caga毒力基因阳性的菌株才有强致癌性，而且，身体里有幽门螺杆菌的人，还被发现不容易过敏和胃食管返流。所以，现在普遍认为，只有毒力基因检出时才有必要根除。还有研究发现幽门螺杆菌的易感性与个体的基因有关。
我们注意到肠癌，日渐成为大家关注的话题，由于它难以被发现，并且越晚发现治疗效果越差，正逐渐成为大家关注的焦点。最近一直在关注肠癌早筛方面的内容，查阅了一些资料，记一下笔记，备忘，并分享一下！
这是一篇2015年发表在cell上的文章，虽然有点老，但是研究的内容依然具有参考价值，这里仔细读了一遍，分享一下！
热心肠研究院的这个介绍让我对这个软件产生了好奇，我决定学习一下这个软件的使用，看看它和picrust的区别在哪，picrust2刚刚发布，看看是棋逢对手还是略胜一筹呢。后来发现，好吧，最后发现一个实验室开发的。。。区别在于一个是完全基于已知的参考数据库，而这个目标是发现是大多数(>60%)未注释基因家族与代谢物相对丰度的关联。
QIIME 2 2019.7 昨天发布了，让我们来看一下更新了哪些内容。下一次更新在2019.10下旬，请持续关注。虚拟机镜像更新将在下周放出。