QIIME 2 2021.2 版本现已推出!感谢所有参与者的辛勤工作!
提醒一下,我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布(QIIME 2 2021.4),但请继续关注更新。
查看QIIME 2 2021.2 文档 有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题,可以联系QIIME 2论坛!
虚拟机将在下周的某个时候提供!
突破变化
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q2-feature-classifier
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classify-sklearn
:参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定,则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数,那么你没有什么可担心的!reads_per_batch
0
"auto"
0
reads_per_batch
0
"auto"
0
请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。
以下是发布的亮点:
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QIIME 2 框架
做了一些与API相关的更改,这仍然是一个正在进行的工作,关于这很快有更多!
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重新构想驱动程序采取更惯用的方法-
DiagnosticUsage
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向基本驱动程序添加了缺少的API方法
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将动作助手注入基础驱动程序
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文档
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在帕金森鼠教程中修复了一两个拼写错误
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更新我们的文档repo,以适应Sphinx更新引入的新要求。
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q2cli
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重构此界面的使用 API 驱动程序,以采取更惯用的方法 – API 仍然是一个正在进行的工作,更多关于这很快!
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q2-types
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重新构件成一个更一般的,应该简化新的序列格式(如RNA)的添加,并派生他们的版本
DNAFASTAFormat
FASTAFormat
Aligned
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添加了一个新的和相应的类型,用于蛋白质分析-第一个插件(s)这些都在进行中
ProteinFASTAFormat
ProteinSequence
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q2-feature-table
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如果是过滤后反向坐标轴上零频率的假特征/样本,则不会删除。
filter-opposite-axis
filter-samples
filter-features
filter-opposite-axis
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添加了并启用了处理s.
average
overlap_method
merge
merge
RelativeFrequency
FeatureTable
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q2-quality-control
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更新转换器,使用视图api转换为
FeatureData[Sequence]
pandas.Series
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q2-gneiss
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添加,使使用ILR变换对进化树进行无监督的分析
ilr_phylogenetic_ordination
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添加到差异丰度工具,如Songbird和Aldex2,通过ILR转换转换为进化坐标。
ilr_phylogenetic_differential
Differentials
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有关如何使用这些命令的附加教程可以在 empress github repo 找到
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busywork
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在我们的各种https://github.com/qiime2存储库中自动增加版权年数。
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从TravisCI 迁移github.com/qiime2存储库并迁移到 Github
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workshops
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修复了一个错误,阻止我们在网站上创建新的workshops条目。
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更改了主页上的排序逻辑,允许将长期运行的研讨会列为即将举办的研讨会,而不是”过去”
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q2-feature-classifier
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有关详细信息,请参阅中断更改部分。 -
对操作进行了改进,以便在使用时更加清楚。
classify-sklearn
"auto"
reads_per_batch
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q2-diversity
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提供了一个很好的元数据验证增强功能,以便当元数据中存在 NaN 时,会出现用户友好型错误。
快乐Qiiming吧!
本篇文章来源于微信公众号: 微因