QIIME 2 2021.2 版本发布啦

QIIME 2 2021.2 版本现已推出!感谢所有参与者的辛勤工作!

提醒一下,我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布(QIIME 2 2021.4),但请继续关注更新。

查看QIIME 2 2021.2 文档 有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题,可以联系QIIME 2论坛!

虚拟机将在下周的某个时候提供!


突破变化

  • q2-feature-classifier

    • classify-sklearn:参数的默认值已更改为不允许。如果您将参数明确指定,则需要将其更改。如果你没有明确设置这个参数,那么你没有什么可担心的!reads_per_batch0"auto"0reads_per_batch0"auto"0

请根据需要更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。


以下是发布的亮点:

  • QIIME 2 框架

    做了一些与API相关的更改,这仍然是一个正在进行的工作,关于这很快有更多!

    • 重新构想驱动程序采取更惯用的方法-DiagnosticUsage

    • 向基本驱动程序添加了缺少的API方法

    • 将动作助手注入基础驱动程序

  • 文档

    • 在帕金森鼠教程中修复了一两个拼写错误

    • 更新我们的文档repo,以适应Sphinx更新引入的新要求。

  • q2cli

    • 重构此界面的使用 API 驱动程序,以采取更惯用的方法 – API 仍然是一个正在进行的工作,更多关于这很快!

  • q2-types

    • 重新构件成一个更一般的,应该简化新的序列格式(如RNA)的添加,并派生他们的版本DNAFASTAFormatFASTAFormatAligned

    • 添加了一个新的和相应的类型,用于蛋白质分析-第一个插件(s)这些都在进行中ProteinFASTAFormatProteinSequence

  • q2-feature-table

    • 如果是过滤后反向坐标轴上零频率的假特征/样本,则不会删除。filter-opposite-axisfilter-samplesfilter-featuresfilter-opposite-axis

    • 添加了并启用了处理s.averageoverlap_methodmergemergeRelativeFrequencyFeatureTable

  • q2-quality-control

    • 更新转换器,使用视图api转换为FeatureData[Sequence]pandas.Series

  • q2-gneiss

    • 添加,使使用ILR变换对进化树进行无监督的分析ilr_phylogenetic_ordination

    • 添加到差异丰度工具,如Songbird和Aldex2,通过ILR转换转换为进化坐标。ilr_phylogenetic_differentialDifferentials

    • 有关如何使用这些命令的附加教程可以在 empress github repo 找到

  • busywork

    • 在我们的各种https://github.com/qiime2存储库中自动增加版权年数。

    • TravisCI 迁移github.com/qiime2存储库并迁移到 Github 

  • workshops

    • 修复了一个错误,阻止我们在网站上创建新的workshops条目。

    • 更改了主页上的排序逻辑,允许将长期运行的研讨会列为即将举办的研讨会,而不是”过去”

  • q2-feature-classifier

    • * 有关详细信息,请参阅中断更改部分。

    • 操作进行了改进,以便在使用时更加清楚。classify-sklearn"auto"reads_per_batch

  • q2-diversity

    • 提供了一个很好的元数据验证增强功能,以便当元数据中存在 NaN 时,会出现用户友好型错误

    快乐Qiiming吧!


本篇文章来源于微信公众号: 微因

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