qiime2-2022.2发布啦

QIIME 2 2022.2 版本现已发布！感谢所有参与者的辛勤工作！

提醒一下，我们计划的下一个QIIME 2版本计划于2022年4月发布（QIIME 2 2022.4），请继续关注更新。

查看QIIME 2 2022.2 文档^[1]有关安装最新QIIME 2版本以及教程和其他资源的详细信息。如果您遇到任何问题，请在QIIME 2论坛上与我们联系！

虚拟机构建版本已经推出（q2galaxy 除外，docker 容器已经发布） q2galaxy的Docker 镜像现已推出。查看安装指示^[2]和视频 ^[3]

看国际视频不易，搬到了B站，添加了中英文字幕，欢迎长按扫码观看！

新文档：

此版本与几个QIIME 2文档项目的发布时间相吻合，这些项目提供了现在学习QIIME 2的新方法，并让我们一瞥QIIME 2文档的未来发展方向。

• 我们很高兴分享一个新的多界面QIIME 2教程，即癌症微生物组干预^[4]教程。本教程源自2021年发表的12,000多个与人类癌症相关的微生物组样本的数据。*造血细胞移植患者纵向微生物群资料和住院组的汇编* ^[5]。用户可以选择使用QIIME 2 Galaxy界面这里您可以学习如何安装^[6]），QIIME 2 命令行界面或 Python 3 API。此内容是JupyterBook^[7]，这是一个文档工具，您可以期望在QIIME 2生态系统中看到更多内容。

• **一个新的，免费的QIIME 2 YouTube课程** ^[8]这与癌症微生物组干预教程平行。在接下来的几个月里，我们将每周发布新视频。这是我们第一个专注于Galaxy界面的视频教程系列，因此，如果您想通过Galaxy学习使用QIIME 2，这是一个很好的起点！这里提供 3.5 分钟的课程介绍^[9]。

看国际视频不易，搬到了B站，添加了中英文字幕，欢迎扫码观看！

• QIIME 2 JupyterBook的预览，q2book^[10].这是一个正在进行的工作，尚未完成，但您可以在QIIME 2存档（即.qza和.qzv文件）^[11]， semantic types^[12]中找到有用的背景，importing^[13]，以及更多主题，将帮助您加深对QIIME 2的工作原理及其原因的理解。

• 我们基于Jupyter Book的教程（如上所述）可以在我们用户文档的新页面上找到，标题为*Jupyter Book Tutorials* ^[14]。

附加功能：

• QIIME 2 框架^[15]

• 对使用情况进行了一些改进/调整

• 修复了 view_type 参数中的不一致，字符串和类现在都被接受为参数Usage.import_from_format

• Artifact API 现已重命名为 Python3 API

• q2cli^[16]

• 修复了使用情况驱动程序中导致命名空间冲突的错误
• 修复了返回不正确的使用变量的问题Usage.view_as_metadata

• q2galaxy^[17]

• 当通过预构建的 docker 镜像安装 q2galaxy 时，conda 环境现在已经包含在内。这会导致更大的基础镜像，但使安装失败的可能性大大降低。因此，第一个作业将不再需要超过 40 分钟才能完成

• 添加了新的使用驱动程序，以自动生成在Galaxy工具和文档中使用的RST指令

• 修复了生成的工具中字符串清理的问题。（不寻常的字符，如将静默转换，破坏功能。）

• 添加了新的模板函数，以提供自动嵌套和按字母顺序排列的文件。看tool_conf.xml``q2galaxy template tool-conf --help

• q2-样本分类器^[18]

• 在基于距离矩阵的 KNN 样本分类中添加了交叉验证

• q2-dada2^[19]

• 添加了对 PacBio CCS 数据的支持，以及添加了一些最终的调整和测试+数据。有关更多详细信息，请务必结合的dada2论文^[20]（和数据^[21]!)这是一个包装器

• q2-纵向^[22]

• 添加了对自动引用公式项的支持。现在，列名相似的将被引号括起来，而不是引发错误。linear-mixed-effectsmy-categoryQ('my-category')

• q2-mystery-stew^[23]

• 添加了更复杂的metadata交互。现在测试包括和Usage.view_as_metadata``Usage.merge_metadata

参考资料