QIIME 2 2021.11发布啦


今年的历史更新在这:

QIIME 2 2021.8到来啦

QIIME 2 2021.4发布(qiime2支持galaxy啦)

QIIME 2 2021.2 版本发布啦



QIIME 2 2021.11 版本现已推出!感谢所有参与者的辛勤工作!

下一版计划于 2021 年2月(QIIME 2 2022.2)发布,请继续关注更新。

查看QIIME 2 2021.11 文档[1] 有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请联系 QIIME 2 论坛!

虚拟机生成将在下周的某个时候提供,关注论坛的更新!

以下是发布亮点:

  • QIIME 2 Framework 2[2]
    • 我们非常高兴正式宣布新的QIIME 2 Usage API的发布!这是一组针对开发人员和文档编写者的工具,将允许他们编写与接口无关的”用法示例” – 不同QIIME 2接口可以编写的代码片段这是一组针对开发人员和文档编写者的工具,将允许他们编写与接口无关的”用法示例” – 不同的QIIME 2接口可以转换为有意义的特定于接口的示例的代码片段!说到示例,这里有一个简单的示例,它演示了如何使用 q2-feature-table 合并两个特征表:

q2cli:

  qiime feature-table merge 
    --i-tables feature-table1.qza feature-table2.qza 
    --o-merged-table merged-table.qza

Python 3 API:

import qiime2.plugins.feature_table.actions as feature_table_actions

merged_table, = feature_table_actions.merge(
    tables=[feature_table1, feature_table2],
)

生成上面两个特定于接口的示例的使用 API 代码在这里:

        # ft1_factory 和 ft2_factory 是两个函数,在其他地方定义的,用于生成示例的数据

        def feature_table_merge_example(use):
            feature_table1 = use.init_artifact('feature_table1', ft1_factory)
            feature_table2 = use.init_artifact('feature_table2', ft2_factory)

            merged_table, = use.action(
                use.UsageAction('feature_table''merge'),
                use.UsageInputs(tables=[feature_table1, feature_table2]),
                use.UsageOutputNames(merged_table='merged_table'),
            )

因此,通过一个代码片段,插件开发人员和教程作者现在可以编写示例,用户将能够在他们选择的界面中查看和使用这些示例!我们移植了Moving Pictures Tutorial[3] 到这个新系统,这里是用户可以期望看到的内容的快速预览:如果您有兴趣了解更多信息,我们有全新的开发人员文档[4]。此外,这里是Moving Pictures教程源[5],以及如何在现有 QIIME 2 插件中编写和注册用法示例[6] 的示例。

  • docs[7]
    • 一个全新的启用了使用 API 的版本的Moving Pictures Tutorial[8] 现在作为测试版预览提供 – 在未来的版本中,我们也计划更新剩余的教程!
  • q2cli[9]
    • 将可怕的深蓝色文本调整为更好的浅蓝色,以减少默认深色终端配色方案用户眼部出血的发生率。
  • 在开发工具中添加了assert-result-typeassert-result-data 和一些”华夫饼“,无论如何,至少有两件事。
  • q2cli 现在完全支持 Usage API – 您可以通过在您最喜欢的命令上运行--help来查看任何具有任何操作的用法示例(当然不是很多,但很快就会更多!)。一个例子:
qiime feature-table merge --help
    Examples:
      # ### example: basic
      qiime feature-table merge 
        --i-tables feature-table1.qza feature-table2.qza 
        --o-merged-table merged-table.qza

      # ### example: three tables
      qiime feature-table merge 
        --i-tables feature-table1.qza feature-table2.qza feature-table3.qza 
        --p-overlap-method sum 
        --o-merged-table merged-table.qza
  • 您还可以保存示例数据 (--example-data) 以运行这些命令!
       qiime feature-table merge --example-data example_data
       Saved FeatureTable[Frequency] to: example_data/basic/feature-table1.qza
       Saved FeatureTable[Frequency] to: example_data/basic/feature-table2.qza
       Saved FeatureTable[Frequency] to: example_data/three-tables/feature-table1.qza
       Saved FeatureTable[Frequency] to: example_data/three-tables/feature-table2.qza
       Saved FeatureTable[Frequency] to: example_data/three-tables/feature-table3.qza

现在您拥有可用于“测试”帮助文本中显示的示例的数据!

  • q2-demux[10]
    • 添加了使用反向互补序列进行barcode修剪的测试,并将修剪逻辑放在反向互补之前。
  • q2-diversity 3[11]
    • 添加了两个很棒的新技术: t-SNE[12] and UMAP[13]。应该是单细胞领域用的比较多的可视化和降维方法。

Happy QIIMEing!




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参考资料

[1]

QIIME 2 2021.11 文档: https://docs.qiime2.org/2021.11/

[2]

QIIME 2 Framework 2: https://github.com/qiime2/qiime2

[3]

Moving Pictures Tutorial: https://docs.qiime2.org/2021.11/tutorials/moving-pictures-usage/

[4]

开发人员文档: https://dev.qiime2.org/latest/api-reference/usage/

[5]

Moving Pictures教程源: https://github.com/qiime2/docs/blob/ea492a071cbaf1955a149f4e78e16dcc32068548/source/tutorials/moving-pictures-usage.rst

[6]

编写和注册用法示例: https://github.com/qiime2/q2-feature-table/blob/ebe674d13fc26459da9ffb7fd3dadd7153079354/q2_feature_table/examples.py

[7]

docs: https://docs.qiime2.org/2021.11

[8]

Moving Pictures Tutorial: https://docs.qiime2.org/2021.11/tutorials/moving-pictures-usage/

[9]

q2cli: https://docs.qiime2.org/2021.11/interfaces/q2cli/

[10]

q2-demux: https://docs.qiime2.org/2021.11/plugins/available/demux/

[11]

q2-diversity 3: https://docs.qiime2.org/2021.11/plugins/available/diversity/

[12]

t-SNE: https://docs.qiime2.org/2021.11/plugins/available/diversity/tsne/

[13]

UMAP: https://docs.qiime2.org/2021.11/plugins/available/diversity/umap/


本篇文章来源于微信公众号: 微因

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