QIIME 2 2021.8到来啦


小编总结



1.建立了SampleData[TrueTargets]语义类型 
2.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types
3.一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types 
4.添加了新的语义类型‎: FeatureData[BLAST6] 
5.修正了一个align_to_tree_mafft_fasttree方法的bug



QIIME 2 2021.8 版本现已推出!感谢所有参与的辛勤工作!下一版计划于 2021 年 810月(QIIME 2 2021.10)发布,请继续关注更新。看看QIIME 2 2021.8 文档[1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请联系 QIIME 2 论坛!虚拟机生成将在下周的某个时候提供,关注论坛的更新!

突破性改变

  • q2-sample-classifier[2]建立了SampleData[TrueTargets]语义类型,允许目标元数据的输出来自split_dataclassify_samples。请酌情更新脚本、工作流程等。卡住了?在论坛上寻求帮助。

以下是发布亮点:

QIIME 2 Framework[3]

  • 更新了Artifact, Visualization and Metadata类型的方法,该类现在包含参数,该参数接受字符串值作为输入。save(),ext每个类的默认值(如果留空)如下所示:
Metadata: blank
Artifact: .qza
Visualization: .qzv

另外,Metadata.save()现在会返回文件路径(包含可选扩展),像Artifact, Visualization一样。

  • ‎除了当前格式验证之外,还添加了允许语义验证的功能。这允许根据数据的内容和预期使用验证数据。它应该有助于防止格式的扩散(甚至可能允许将来格式的减少‎)。
  • 发现并修正了一个sUnion归一化例程中的一个小bug
  • 修正了一个method.signature.decode_parameters的bug
  • from_checksum_format()增加了反斜杠开头的路径处理的确认

library[4](开发者)

  • 推出了我们新的基于库的构建系统的 v1!敬请关注未来更详细的公告。‎### docs [5]
  • 更新了关于“封闭参考聚类”的 OTU 聚类教程部分,以准确反映文件输出(数据类型:FeatureTable[Frequency]FeatureData[Sequence])。
  • 更新了q2studio安装指南,以解决 QIIME 2 论坛上报告的npm安装包依赖问题
  • 更新了数据参考页面以包括 RESCRIPt 预印引文,略微调整了加权分类器的描述和参考文献,并引用了为未加权分类器列出的参考文献。
  • 更新了元数据页面,以包含有关直接从 q2cli 命令行qiime tools cast-metadata的详细信息, 还在“实用工具”页面下添加了有关如何使用此工具的完整教程。
  • 在 Pd‎教程中修复了几个错误错别字。
  • 添加了一个允许命令块错误的新命令:allow-error。对于应该显示带有相关错误的命令块(而不是成功运行命令)的任何文档,这将是一个有用的补充。

dev-docs[6]

  • 记录 QIIME 2 的去中心化出处跟踪以及 QIIME 2 档案格式随时间的变化

workshops[7]

  • 更新了我们的研讨会请求联系信息的详细信息

q2cli[8]

  • 一个新工具:qiime tools cast-metadata,允许用户通过命令行将元数据列转换为新的 q2:types(不管是分类或连续的),这将允许用户以编程方式覆盖自动选择的 q2:types,而无需求助于sed等工具。

q2-feature-table[9]

  • 更新了summarize viz的逻辑,以在生成直方图时限制箱数。这有助于减少可视化的运行时间和内存要求

q2-diversity[10]

  • beta 相关性进行了更新_visualizer.py中的mantel()之前打开了plt.Figure()的一个实例并且没有关闭它,消耗内存。他们添加了一行来关闭实例并在保存后释放内存。
  • 修复了之前已损坏的 Adonis 文档。

q2-diversity-lib[11]

  • 在运行要求下使用Python更新了Conda recipe,以确保通过conda install直接安装时的兼容性。

q2-phylogeny[12]

  • 修正了一个align_to_tree_mafft_fasttree方法的bug。以前,当n_threads参数设置为auto时,OMP_NUM_THREADS环境变量将设置为 1(而不是用户计算机上可用的最大线程数)。这已得到解决,现在当n_threads设置为 auto时,将使用:thread:s的最大数量
  • 添加了过滤系统发育树的方法:因此一组提示匹配输入特征表。语法和输出几乎是filter-table的同源词。

q2-sample-classifier[13]

  • 添加了允许针对完整数据集进行训练的能力!

q2-types[14]

  • 添加了新的语义类型‎: FeatureData[BLAST6]。对 BLAST 搜索结果格式的支持将对 qiime2框架内的几个潜在功能有用。许多序列比对器,例如 BLAST、DIAMOND、VSEARCH,都使用这种输出。

快乐Qiiming吧!

参考资料

[1]

QIIME 2 2021.8 文档: https://docs.qiime2.org/2021.8/

[2]

q2-sample-classifier: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-sample-classifier

[3]

QIIME 2 Framework: https://github.com/qiime2/qiime2

[4]

library: https://library.qiime2.org/

[5]

docs : https://docs.qiime2.org/2021.8

[6]

dev-docs: https://dev.qiime2.org/

[7]

workshops: https://workshops.qiime2.org/

[8]

q2cli: https://docs.qiime2.org/2021.8/interfaces/q2cli/

[9]

q2-feature-table: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/available/feature-table/

[10]

q2-diversity: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/available/q2-diversity

[11]

q2-diversity-lib: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/available/q2-diversity-lib

[12]

q2-phylogeny: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-phylogeny

[13]

q2-sample-classifier: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-sample-classifier

[14]

q2-types: https://docs.qiime2.org/2021.8/plugins/q2-types




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