近年来,已经开发出第三代测序技术,并已与前一种测序策略并行和互补地应用。尤其是,牛津纳米孔技术公司(ONT)推出了纳米孔测序技术,该技术已在分子生态学家中广为流行。纳米孔技术提供了低廉的价格,便携性和快速的测序通量。这项强大的技术最近已通过16S rRNA分析测试,显示出令人鼓舞的结果。但是,与以前的技术相比,缺乏专门用于分析纳米孔16S序列的生物信息学工具和标准。由于其显著的特征,研究人员最近开始在16S rRNA测序研究中对MinION的适用性进行评估,并获得了显蓍的结果。在这里,我们对应用于微生物组研究的MinION技术的最新进展进行了综述。
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。