可以使用R将与通过应用C + T PRS方法(例如,使用PLINK或PRSice-2)获得的P值阈值范围相对应的PRS结果可视化
使用流行的遗传分析工具plink计算PRS-尽管plink不是专用的PRS软件,但是可以使用plink执行使用C + T标准方法计算PRS所需的每个步骤,并且可以执行此多步骤过程,是学习计算PRS的过程的好方法(通常由PRS软件自动执行)。
之前体验了一下[impute.me](http://www.impute.me/ “impute.me”)的基因检测分析服务,其内容之丰富和详尽让我感到吃惊。基本上涵盖了几乎所有有影响的GWAS研究结果(GWAS-Catalog等来源),于是我感到很好奇,他的评估计算方法,于是再次打开其开源的github地址,找到了一些内容,学习一下。再次为这个项目点赞!
之前学习了Base Data质控过程,下面继续,最近一直没有开启博客写作,十月将过,加紧补点。
最近发现生信技能树VIP论坛群里在讨论jupyter lab这么一个工具,内心想尝试一下,毕竟一个好工具或许就可以改变你的学习态度和进程,工欲善其事,必先利其器嘛。我使用了这个工具之后,感觉又重新燃起了对R语言的学习热情呢。当然,手上的技能树讲义讲得好也至关重要。下面就说说我安装使用这个工具遇到的一点问题和解决的过程。