QIIME 2 2023.7更新

今天看到官网论坛上宣布，QIIME 2 2023.7 版本现已发布！计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年9月发布（QIIME 2023.9），本次更新是一个小的版本更新，更新频率挺高，不过还是有一些改变的，一起来看下！qiime2团队的目标真的是星辰大海，这是全世界科研工作者合作的力量，重命名为“扩增子发行版”，这意味着宏基因组版本很快将到来！

重要公告

• q2-gneiss – 弃用通知
• gneiss不再得到积极维护，因此我们将在下一个版本QIIME 2023.9核心发行版中完全删除

亮点：

• qiime2
• 对输出集合进行了一些小的改进和错误修复
• 改进了使用未注册语义类型时引发的错误消息。以前，此错误消息指出没有与给定语义类型关联的格式，现在它指定使用的语义类型尚未注册
• q2galaxy
• 添加了对 Galaxy 中 ResultCollections 的支持
• provenance-lib
• 添加了有关如何在 Github 上的自述文件中使用可重复性分析插件的简短教程。请务必查看我们关于出处重播的预印本，促进生物信息学的可重复性 
• q2-composition
• 改进了da-barplot ，启用较长的 y 轴标签，使其不会被截断，并更新 y 轴标题位置，使其不再与要素 ID 名称冲突
• q2-cutadapt
• 添加了对具有双索引的混合方向的测序文库拆分reads的支持
• q2-feature-table
• 修复feature-table summarize中的bug, 从每个样本的频率和每个特征表的频率中删除了不必要的0占位符，之前是作为标题添加到可下载 CSV的
• 添加了一个新操作split ，该操作根据与分类元数据列中样本关联的值将单个表拆分为多个表
• q2-metadata
• 添加了merge方法，该方法增加了对合并多个metadata文件的支持，这些文件具有重叠的 ID 或重叠的列，或者没有重叠 ID 或列重叠的表。
• 将新参数添加到--p-encode-sample-sizeshuffle-groups，该参数（启用后）会将每个metadata组的样本数量追加到随机的metadata列
• q2-types
• 更新GenomeData[BLAST6] -> SampleData[BLAST6]以支持eggnog-diamond-search对q2-moshpit中输出的更新
• 其他更新： 刚刚完成了对持续集成/持续部署（CI/CD）系统的大规模检修 这是此版本的一个小说明，因为我们仍在消除系统中任何剩余的问题，并记录所有已更改的内容。我们将在下一个版本中对此创建一个正式的公告，但TL;DR是，这最终将让社区开发人员创建插件成为一个更容易的过程，并将允许创建更有针对性的发行版，具体取决于用户分析的特定需求（即16S， 宏基因组学等）。我们目前有三个可供使用的QIIME 2发行版 – 核心发行版（我们很快就会将其重命名为“扩增子发行版”），社区发行版和我们新的“微小”发行版 – 仅包含框架，q2types，q2cli，provenance-lib和q2-mystery-stew。核心发行版目前可供安装，后两个发行版将在下周的某个时候可供使用！