QIIME 2 2023.7更新

今天看到官网论坛上宣布,QIIME 2 2023.7 版本现已发布!计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年9月发布(QIIME 2023.9),本次更新是一个小的版本更新,更新频率挺高,不过还是有一些改变的,一起来看下!qiime2团队的目标真的是星辰大海,这是全世界科研工作者合作的力量,重命名为“扩增子发行版”,这意味着宏基因组版本很快将到来!

重要公告

  • q2-gneiss – 弃用通知
    • gneiss不再得到积极维护,因此我们将在下一个版本QIIME 2023.9核心发行版中完全删除

亮点:

  • qiime2
    • 对输出集合进行了一些小的改进和错误修复
    • 改进了使用未注册语义类型时引发的错误消息。以前,此错误消息指出没有与给定语义类型关联的格式,现在它指定使用的语义类型尚未注册
  • q2galaxy
    • 添加了对 Galaxy 中 ResultCollections 的支持
  • provenance-lib
    • 添加了有关如何在 Github 上的自述文件中使用可重复性分析插件的简短教程。请务必查看我们关于出处重播的预印本,促进生物信息学的可重复性 
  • q2-composition
    • 改进了da-barplot启用较长的 y 轴标签,使其不会被截断,并更新 y 轴标题位置,使其不再与要素 ID 名称冲突
  • q2-cutadapt
    • 添加了对具有双索引的混合方向的测序文库拆分reads的支持
  • q2-feature-table
    • 修复feature-table summarize中的bug, 从每个样本的频率和每个特征表的频率中删除了不必要的0占位符,之前是作为标题添加到可下载 CSV的
    • 添加了一个新操作split ,该操作根据与分类元数据列中样本关联的值将单个表拆分为多个表
  • q2-metadata
    • 添加了merge方法,该方法增加了对合并多个metadata文件的支持,这些文件具有重叠的 ID 或重叠的列,或者没有重叠 ID 或列重叠的表。
    • 将新参数添加到--p-encode-sample-sizeshuffle-groups,该参数(启用后)会将每个metadata组的样本数量追加到随机的metadata列
  • q2-types
    • 更新GenomeData[BLAST6] -> SampleData[BLAST6]以支持eggnog-diamond-searchq2-moshpit中输出的更新
  • 其他更新: 刚刚完成了对持续集成/持续部署(CI/CD)系统的大规模检修 这是此版本的一个小说明,因为我们仍在消除系统中任何剩余的问题,并记录所有已更改的内容。我们将在下一个版本中对此创建一个正式的公告,但TL;DR是,这最终将让社区开发人员创建插件成为一个更容易的过程,并将允许创建更有针对性的发行版,具体取决于用户分析的特定需求(即16S, 宏基因组学等)。我们目前有三个可供使用的QIIME 2发行版 – 核心发行版(我们很快就会将其重命名为“扩增子发行版”),社区发行版和我们新的“微小”发行版 – 仅包含框架,q2types,q2cli,provenance-lib和q2-mystery-stew。核心发行版目前可供安装,后两个发行版将在下周的某个时候可供使用!


本篇文章来源于微信公众号:微因

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