QIIME 2 2021.4发布(qiime2支持galaxy啦)



小编提示:




最值得关注的几点:

1、qiime2可以在galaxy中使用啦!

2、q2-dada2 denoise-paired增加了一个新的参数,使这种方法的用户能够控制最小长度的前进/反向重叠。此方法的的默认值12,和先前版本保持不变。

3、现在提供样本元数据是可选


QIIME 2 2021.4发布啦,一起来学习下最新发布亮点!虚拟机生成将在下周的某个时候提供,下一版计划于 2021 年 8 月(QIIME 2 2021.8)发布,请继续关注更新。

发布亮点:

新界面接口q2galaxy

这是一个alpha版本,会自动生成工具描述

  • 这意味着,当插件创建和演变时,我们可以在几秒钟内自动生成完整的 Galaxy 工具,而不是像通常那样手工开发它们(这应该是对开发者说的)。

  • 此接口通过新插件q2-mystery-stew进行测试,产生553个集成测试。

  • 有关如何使用的更多信息,请查看README或观看此视频在 Windows 上设置 Docker(在下一条推文)。

  • 请注意,这仍然是非常实验性的,如果你遇到的问题,请让我们知道!

  • 因为它是阿尔法版本,仍然有一些限制:

    • 不能导入!但可导出
    • Conda 环境未预安装在docker上,因此安装 QIIME 2 需要一些时间,之后的作业将立即开始。
    • 可视化必须在 q2view 中手动查看,除非您的星系部署配置为 HTTPS 和 CORS 头(您可能需要galaxy sys-admin 的帮助)。
    • 语义属性尚未完全起作用,这可能会影响一些操作,这些操作使用它们作为历史选择器不会识别某些有效的输入。
    • TypeMap 目前不执行UI中的任何限制。(如果违反任何约束,框架当然会像往常一样出错。)
    • 仅支持 TSV 元数据,尚未有将artifacts 视为元数据或将其转换为表单格式的机制(此格式将很快可用)。
  • 新插件:q2-mystery-stew (应该开发用的)

    • 此插件旨在通过生成大量具有不同输入和参数的操作来测试接口。它目前有553个测试,并在测试q2galaxy生成的工具方面发挥了重要作用。
    • 未来的工作将包括将此插件与其他接口(如 q2cli 和神器 API)连接起来。
  • Python 的新版本 (3.8)

    • 现在,  qiime-2-core中的所有QIIME 2包都是使用Python 3.8构建的!

    • 并非所有社区插件都有机会更新其 Conda 包以与 Python 3.8 配合使用,因此我们将继续支持 QIIME 2 2021.2 直到 2021.8 发布(目前计划于 2021 年 8 月下旬发布)

    • 对于一些有趣的事情,可以在这个版本中做的例子,看看这个

  • QIIME 2 Framework

    • 修复了框架中阻止用户在某些条件下生成数据的问题,最显著的是某些网络文件系统(如 BeeGFS)(HPC 环境中常见)。当尝试在将文件压缩到Artifacts 之前(在幕后)移动文件时,问题会出现 – 我们通过回到文件系统复制操作(这可能有点慢,但在那些关闭的情况下应该按预期工作)解决了这个问题。
  • 文档

    • 更新了Read Joining教程,以反映最新和最好的可视化可用!

    • 添加了新的加权Naive贝叶斯分类器将在此版本发布后不久发布-请观看此主题线程更新时,它们可用!

  • q2cli

    • 修复了影响 Zsh 用户的无法在默认情况下启用tab自动完成。
  • q2-dada2

    • denoise-paired增加了一个新的参数,使这种方法的用户能够控制最小长度的前进/反向重叠。此方法的的默认值12,和先前版本保持不变。
  • q2-phylogeny

    • 更新了几个 IQ-TREE 2 和 RAxML 相关测试,以支持新版本的 RAxML (2)。
  • q2-types

    • 重新构想的DNASequence只能接受DNA,而不是RNA序列。

    • 添加了 RNASequenceAlignedRNASequence类型。

    • 添加了RNAFASTAFormat 和其他相关的RNA格式。

    • 这意味着未来和现有插件可以更新以直接处理 RNA 序列数据

  • q2-sample-classifier

    • 添加了一个链接来下载RFE绘图的原始数据。

    • 调整 SVC和SVC_linear 以返回校准的概率值(如此处所述)而不是线性 SVC() 定义的SVC_linear()分类器(内核=”线性”,表示不是太理解,估计涉及算法,不用太深究)。

    • 此更新还包括对所有分类器的验证,以在 0 到 1 之间输出预测概率。

  • q2-diversity

    • 概率分析:添加了一个 Procrustes 统计输出,存储了差异 (m^2)、基于permutations的 p 值以及Procrustes适合。

    • procrustes分析:添加--p-permutations参数以选择permutations数来计算Procrustes分析的p值。

  • q2-emperor

    • procrustes图:添加了一种方法来查看emperor的Procrustes图左上方的Procrustes统计值(p和m+2值)。

    • 更新,以取决于最新的emperor版本(1.0.3)。

  • view.qiime2.org 2

    • 更新图库链接以反映最新版本 (2021.4)。
  • q2-taxa

    • 更改条形图,以便现在提供样本元数据是可选的。如果未提供样本元数据,可视化将显示提供的样本元数据列数或 0 列。

    • 条形图的改进,以便在所有级别上,配色方案以相同的颜色显示最上面。

    • 进行了更新,以避免在执行分类合并时FeatureTable的密集显示。

  • q2-longitudinal

    • 修正了 一个bug,matplotlib canvas 画布偶尔无法清除,导致设置轴标签等下游错误。

快乐的qiiming哟!

本篇文章来源于微信公众号: 微因

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