ASA芯片的探索

gsa芯片作为一款消费级基因检测市场上具有较高性价比的芯片,已经成为国内外多家基因检测公司的首选,不得不承认illumina的强大。毕竟,这是人家的看家本领,二代测序技术还是买来的呢。说句题外话,发现好多技术原创于英国,比如arm,纳米孔测序,sanger测序。。。最近,gsa芯片已经升级为ASA芯片,增加了许多位点,那么,我们来看下,ASA相比GSA的变化在哪呢?

首先还是统计一下asa的芯片位点在各个染色体上的分布情况。

dic = {}
with open('ASA-0-Consort__A1.csv') as f:
    for line in f:
        chromesome = line.strip().split(',')[9]
        #print(chromesome)
        #break
        if chromesome in dic.keys():
            dic[chromesome] += 1
        else:
            dic[chromesome] = 1

for chromesome in dic.keys():
    print(chromesome, dic[chromesome])

#结果是:

大概主要是增加了线粒体、Y染色体的位点,用于祖源分析吧!

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